Ikan adalah kelompok parafiletik yang berarti, setiap kelas yang memuat semua ikan akan mencakup pula tetrapoda yang bukan ikan. Atas dasar ini, pengelompokan seperti Kelas Pisces, seperti pada masa lalu, tidak layak digunakan lagi.

Berikut adalah unit-unit yang mencakup semua vertebrata yang biasa disebut sebagai ikan:

Subkelas Pteraspidomorphi (ikan tak berahang primitif)Kelas ThelodontiKelas Anaspida(tidak berstatus) Cephalaspidomorphi (ikan tak berahang primitif)(tidak berstatus) HyperoartiaPetromyzontidae (lamprey)Kelas GaleaspidaKelas PituriaspidaKelas OsteostraciInfrafilum Gnathostomata (vertebrata bermulut besar)Kelas Placodermi (ikan berperisai, punah)Kelas Chondrichthyes (ikan bertulang rawan: hiu, pari)Kelas Acanthodii (hiu berduri, punah)Superkelas Osteichthyes (ikan bertulang sejati: mencakup hampir semua ikan penting masa kini)Kelas Actinopterygii (ikan bersirip kipas)Kelas Sarcopterygii (ikan sirip berdaging/ikan bersirip cuping)Subkelas Coelacanthimorpha (coelacanth)Subkelas Dipnoi (ikan paru).